ECD計算服務

• 確定天然產物的絕對構型（absolute configuration，AC）在結構解析中是一個具有挑戰性的問題。其存在各種解決問題的方法，例如X射線晶體學手性方法和NMR各向異性方法，每種方法都具有自身的局限性。當手性化合物具有合適的發色團時，電子圓二色性（electronic circular dichroism, ECD）為測定其絕對構型提供強有力的支持。最近幾年廣泛使用的一種方法是比較計算和實驗的ECD光譜，即使用ECD測定構型將具有未知構型的新化合物的光譜與已知AC的類似化合物的光譜進行比較。
• 通過ECD計算確定天然產物AC的原理相對簡單：將計算的ECD光譜與實驗的ECD光譜進行擬合比；如果兩個數據集彼此非常相似，則可獲得高度可靠的匹配。
• ECD計算通常包括兩個步驟：首先是化合物的構象分析獲得可能的構象異構體；其次是每個構象異構體的UV/ECD計算。構象分析通過使用分子力學或半經驗蒙特卡羅方法進行構象異構體的相對能量評估，然后使用密度泛函理論（DFT）方法進一步優化所得構象并進行UV/ECD的DFT計算獲得異構體的計算UV/ECD光譜，構象異構體的UV/ECD光譜是玻爾茲曼平均值。然后將平均的UV光譜移動以符合實驗的UV光譜，并將計算的ECD光譜與天然產物實驗的ECD光譜進行比較。