PharmKG：專用于生物醫藥數據挖掘的知識圖譜

圖 | PharmKG構建、模型、應用框架

生物醫藥知識圖譜（Biomedicalknowledge graphs）已開始在醫學實踐和研究中發揮關鍵作用。它有助于簡化復雜的生物系統以及病理學過程，使研究人員能更好地理解其中的原理。然而，由于其復雜性和構建的特定要求，此類知識圖譜的挖掘和落地仍然充滿著挑戰?，F有的研究常常會遇到諸如數據集稀疏和嘈雜、建模方法不足、評價指標不一致等問題。在這篇論文中，作者構建了一種數據更為全面、質量更高、應用更廣泛的生物醫藥知識圖譜系統，即PharmKG。此圖譜為多關系屬性生物醫學知識圖譜，由基因、藥物以及疾病之間的500,000多個關系組成，并包含29種關系種類以及超過8000種歧義實體。PharmKG中的每個實體都附帶從多組數據中提取出來的異構、特定領域的信息，即基因表達、化學結構和疾病詞嵌入，同時保留了語義和生物醫學特征。

圖 | PharmKG與其他知識圖譜比較

圖 | PharmKG關系、實體分布

對于基準，我們提供了9種最先進的知識圖譜方法以及一種直觀的、基于生物學和圖神經網絡的新型知識圖譜方法，該方法結合了全局網絡結構和異構域特征。在基準之上，我們進行了廣泛的實驗，以使用多種評估指標評估這些知識圖譜模型。

圖 | 案例研究_PharmKG知識圖譜最支持的10條路徑

關于德睿智藥：

德睿智藥（MindRank AI)為德國Xetra上市AI醫療公司的spin off中國公司, 辦公室位于杭州市江干區。

公司致力于使用AI技術提高藥物研發效率與成功率，讓更多疾病有藥可醫，讓更多生命重獲健康。旗下原創AI解決方案已經獲得“歐盟創新藥物計劃”采納并成功服務多家企業。團隊成員來自世界頂級名校，曾服務于國內外頭部藥企。

圖 | 辦公室（500平米辦公場地）