方法工具 | 唯信計算 Wecomput http://www.tjthrhy.com 中大唯信 | 唯信計算 | AI制藥 | 藥物設計軟件 | AIDD | CADD | 人工智能 | 機器學習 | 深度學習 | 分子對接 | 分子動力學模擬 | 同源模建 | 蛋白設計 | 抗體設計 | 自組裝模擬 | 計算模擬 | 藥物設計 | 分子模擬 | 量化計算 | 量子化學 | GPU計算 Mon, 13 Jun 2022 00:57:41 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=5.6 http://www.tjthrhy.com/wp-content/uploads/2015/09/cropped-LOGO-icon-32x32.png 方法工具 | 唯信計算 Wecomput http://www.tjthrhy.com 32 32 JCIM | 通過計算工具模擬藥物篩選中的競爭實驗 http://www.tjthrhy.com/jcim-simulation-of-competition-experiments-in-drug-screening-with-computational-tools/ Mon, 13 Jun 2022 00:50:10 +0000 http://www.tjthrhy.com/ae80b5de7c/ 基于從機理上理解復雜的生物相互作用系統的PyBindingCurve技術開發的CLAffinity，可利用藥物篩選過程中常見的蛋白、配體和抑制劑…… Continue reading →

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]]> Nat. Commun. | 螺旋結構基序可用于功能性肽設計 http://www.tjthrhy.com/nat-commun-helical-motifs-can-be-used-for-functional-peptide-design/ Wed, 16 Mar 2022 00:50:35 +0000 http://www.tjthrhy.com/78b44775bc/ TP-DB是從PDB中提取170萬個螺旋結構并編譯而成的一個治療肽設計數據庫，允許查詢化合物復合物模式以促進識別螺旋結構的序列基序。 背景介紹 …… Continue reading →

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]]> Bioinformatics | DD-GUI:深度學習虛擬篩選大規?；衔飵斓膱D形化用戶界面 http://www.tjthrhy.com/bioinformatics-dd-gui-graphical-user-interface-for-deep-learning-virtual-screening-of-large-compound-libraries/ Wed, 02 Mar 2022 01:06:42 +0000 http://www.tjthrhy.com/34fa72afc9/ DD-GUI 是英屬哥倫比亞大學團隊聯合NVIDIA開發的深度學習和對接的圖形用戶界面，名為“深度對接”。DD-GUI 能直觀且便捷地設置大規?！?Continue reading →

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]]> JCIM | 片段熱點映射以識別相關蛋白間的選擇性決定域 http://www.tjthrhy.com/jcim-fragment-hotspot-mapping-to-identify-selective-determination-domains-between-related-proteins/ Fri, 18 Feb 2022 04:00:50 +0000 http://www.tjthrhy.com/1f8e84bde7/ 背景介紹 基于片段的藥物發現(FBDD)已經成為一個用來識別探針分子和先導化合物的強大工具。過去20年里，FBDD發現了4種已批準的藥物，數十種…… Continue reading →

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]]> Nat. Commun. | Polyply：用于大分子和納米材料模擬的python套件 http://www.tjthrhy.com/nat-commun-polyply-python-suite-for-macromolecular-and-nanomaterial-simulations/ Wed, 16 Feb 2022 01:24:53 +0000 http://www.tjthrhy.com/b55b2fac61/ Polyply包含了：1)一種多尺度圖匹配算法，用于快速生成參數，并適用于任意復雜的聚合物拓撲；2)通用的多尺度隨機行走協議，能夠高效地建立復雜…… Continue reading →

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]]> Bioinformatics | Hu-mAb：基于機器學習的高效抗體人源化工具 http://www.tjthrhy.com/bioinformatics-hu-mab-high-efficiency-antibody-human-chemical-tool-based-on-machine-learning/ Fri, 31 Dec 2021 07:37:33 +0000 http://www.tjthrhy.com/486432b5ed/ Hu-mAb工具可以對輸入序列進行人源化評分，同時提示可降低免疫原性并保持療效的人源化突變位點，以此加速人源化過程。 背景介紹 單克隆抗體（mA…… Continue reading →

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]]> JCIM | CS-Annotate：用化學位移注釋RNA結構的深度學習在線工具 http://www.tjthrhy.com/jcim-cs-annotate-deep-learning-online-tool-for-annotating-rna-structures-with-chemical-shifts/ Mon, 29 Nov 2021 02:47:59 +0000 http://www.tjthrhy.com/ae81e14a6f/ CS-Annotate的核心是一種多任務深度學習模型的運用，可以同時從化學位移指紋中對溶劑暴露、堿基堆積和配對狀態以及單個RNA殘基構象進行分類…… Continue reading →

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]]> BIB | 抗體設計計算小妙招: IsAb http://www.tjthrhy.com/bib-antibody-design-calculation-small-trick-isab/ Mon, 25 Oct 2021 01:04:55 +0000 http://www.tjthrhy.com/ed8c0bd9d7/ IsAb是一個專注于抗體重新設計的計算協議，主要是優化抗體序列。協議全面且免費，方便來自不同領域的用戶快速上手。 背景介紹 抗體重新設計是在已知…… Continue reading →

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]]> NAR | ProteinTools:蛋白結構分析竟如此簡單 http://www.tjthrhy.com/the-nar-proteintools-protein-structure-analysis-so-simple/ Sat, 11 Sep 2021 08:03:12 +0000 http://www.tjthrhy.com/0e314f080f/ ProteinTools不同于只含單一應用的蛋白結構分析軟件，它以web服務形式提供了四種程序：疏水簇識別、氫鍵網絡識別、鹽橋識別和接觸圖識別?！?Continue reading →

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]]> JCIM | 細數抗菌肽的計算方法和工具 http://www.tjthrhy.com/jcim-count-the-calculation-method-of-antibacterial-peptides-and-tools/ Fri, 10 Sep 2021 12:09:46 +0000 http://www.tjthrhy.com/5f411ebed4/ 目前，治療耐藥菌感染患者的藥物種類十分有限，急需開發抗菌肽（AMPs）。本文匯總現有技術下對AMPs的結構、動力學和功能開展的研究，有利于與實驗…… Continue reading →

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