背景介紹 自從人們認識到藥物結合動力學速率可能是體內藥物功效的關鍵決定因素，對開發計算方法的興趣就日漸增加，以期能估計出藥物-靶標解離速率常數 …… Continue reading →

背景介紹 藥物發現是一項具有挑戰性的任務，需要對多個參數進行優化，以適應不同的藥物性質。對于靶向特定生物大分子的藥物，藥物與其靶點之間的充分結合…… Continue reading →

背景介紹 計算機輔助藥物發現在學術界和工業界都極為重要。其中準確預測小分子與生物大分子受體的結合自由能更是重中之重。最近的研究已經證明了FEP計…… Continue reading →

背景介紹 結合自由能計算在許多研究中發揮著重要作用，但計算過程繁瑣易錯，讓人望而卻步。許多步驟需要人為干預，缺乏標準，他人難以復現。BFEE2軟…… Continue reading →

引言 預測蛋白質與配體的結合親和力以及相關的生物分子識別熱力學是基于結構的藥物設計的主要目標。煉金術自由能模擬為實現該目標提供了高度準確且計算效…… Continue reading →

文章簡介 藥物發現中的虛擬高通量篩選（vHTS）是一種識別苗頭化合物的有效方法，它可以比實驗性高通量篩選方法更快，更便宜。但是，主流的vHTS工…… Continue reading →

引言 當今煉金術自由能計算方法已經被廣泛應用于小分子先導化合物的優化過程中，計算精度已經達到了1 kcal/mol左右。盡管如此，在已發表的研究…… Continue reading →

引言 在保證安全性和生物學功能的前提下，尋找高親和力的配體是小分子藥物開發的目標。因此，精確預測結合自由能一直是計算機輔助藥物設計中的一個重要方…… Continue reading →

簡介 BRIDGE（Biomolecular Reaction and Interaction Dynamics Global Environm…… Continue reading →