蛋白設計 | 唯信計算 Wecomput http://www.tjthrhy.com 中大唯信 | 唯信計算 | AI制藥 | 藥物設計軟件 | AIDD | CADD | 人工智能 | 機器學習 | 深度學習 | 分子對接 | 分子動力學模擬 | 同源模建 | 蛋白設計 | 抗體設計 | 自組裝模擬 | 計算模擬 | 藥物設計 | 分子模擬 | 量化計算 | 量子化學 | GPU計算 Mon, 20 Jun 2022 01:06:14 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=5.6 http://www.tjthrhy.com/wp-content/uploads/2015/09/cropped-LOGO-icon-32x32.png 蛋白設計 | 唯信計算 Wecomput http://www.tjthrhy.com 32 32 PLOS Pathogens | 基于埃博拉病毒糖蛋白HR2-MPER區域的表位聚焦的免疫原設計 http://www.tjthrhy.com/plos-pathogens-epitope-focused-immunogen-design-based-on-the-hr2-mper-region-of-the-ebola-virus-glycoprotein/ Mon, 20 Jun 2022 01:00:58 +0000 http://www.tjthrhy.com/5f86a6d6a4/ 通過Rosetta和計算分析設計并驗證了埃博拉病毒糖蛋白BDBV-HR2-MPER C端附近的表位是候選抗原，與納米粒融合后在兔上測試了免疫原性…… Continue reading →

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]]> JCIM | DEPACT和PACMatch：一種從頭設計蛋白口袋結合小分子的工作流程 http://www.tjthrhy.com/jcim-depact-and-pacmatch-a-workflow-for-designing-protein-pockets-to-bind-small-molecules-from-scratch/ Wed, 02 Mar 2022 01:07:51 +0000 http://www.tjthrhy.com/6d4017ef1d/ 兩種新計算方法組成的工作流用于執行特定小分子結合任務?；跀祿寗拥腄EPACT可以設計和評估小分子結合的口袋能否作為獨立的團簇，而PACMat…… Continue reading →

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]]> Nat.Chem. | 基于深度學習的核靶向非生物微蛋白設計 http://www.tjthrhy.com/nat-chem-design-of-nucleon-targeted-abiotic-microproteins-based-on-deep-learning/ Mon, 06 Dec 2021 00:56:15 +0000 http://www.tjthrhy.com/09564c2926/ 高通量實驗與定向進化啟發的深度學習方法碰撞，展示了機器學習使核靶向非生物微蛋白的從頭設計將反義寡聚體輸送到細胞核的過程。模型還可破譯和可視化序列…… Continue reading →

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]]> Nat. Commun. | 利用低精度的接觸圖預測改進基于片段的從頭蛋白組裝 http://www.tjthrhy.com/nat-commun-improved-fragment-based-de-novo-protein-assembly-using-low-precision-contact-graph-prediction/ Wed, 29 Sep 2021 01:08:25 +0000 http://www.tjthrhy.com/04719f768a/ 一種集成了多個深度學習和基于協同進化的接觸圖方法——C-QUARK，在非同源蛋白結構建模領域取得了極大進展，正確折疊的蛋白數量是其他方法的6倍?！?Continue reading →

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]]> PNAS | 蛋白質折疊的非馬爾可夫模型 http://www.tjthrhy.com/pnas-protein-folding-of-markov-model/ Fri, 27 Aug 2021 02:00:45 +0000 http://www.tjthrhy.com/3a4db654ff/ 背景介紹 生物大分子功能依賴于發生在不同時間尺度上的耦合過程，對這種系統的理論描述具有一定挑戰性。對于蛋白質來說，折疊發生在微秒到數分鐘甚至數小…… Continue reading →

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]]> Nature Catalysis | 基于機制計算的重設計策略重建酶的活性位點 http://www.tjthrhy.com/nature-catalysis-mechanism-based-on-the-calculation-of-design-strategy-to-rebuild-enzyme-active-site/ Sun, 20 Jun 2021 07:29:41 +0000 http://www.tjthrhy.com/e7bf36f620/ 引言 自然界除了作為生命基石的20種原型氨基酸外，還有多種表現出不同生理功能的非典型氨基酸(ncAAs)，它們同樣可廣泛用作生物活性產物的中間體…… Continue reading →

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]]> Chem. Sci | 加速動力學結合馬爾可夫模型指導蛋白設計 http://www.tjthrhy.com/chem-sci-accelerated-kinetics-combined-with-markov-models-to-guide-protein-design/ Sat, 11 Jul 2020 03:09:58 +0000 http://www.tjthrhy.com/5b831fba56/ 引言 大規模的構象變化對于關聯蛋白質的結構和功能都至關重要，雖然分子模擬能在原子層面觀察構象的轉變，但許多構象是短暫形成的，分布具有隨機性，確定…… Continue reading →

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