數百條QM/MM軌跡證明，吸收光15fs后，反應激發態和鄰近態之間的簡并導致視紫紅質布局分裂為亞布局。 背景介紹 視紫紅質(Rhodopsin,…… Continue reading →

通過QM/MM分子動力學模擬和同位素標記實驗，作者發現在倍半萜SdS合成酶中去質子化-再質子化序列可以通過G1/2 helix這段保守結構域的主…… Continue reading →

世界上第一個基于網絡的用于存儲、管理和共享描述生物大分子間復雜相互作用的片段分子軌道計算數據集的公共數據庫——FMO數據庫。 背景介紹 了解蛋白…… Continue reading →

背景介紹 隨著機器學習(ML)軟件(scikit-learn、TensorFlow、PyTorch等)的廣泛使用以及圖形處理單元成本和速度的不斷…… Continue reading →

引言 生物學的許多領域，都涉及到解決復雜的計算問題，如模擬化學反應、基因組組裝、藥物發現、蛋白質折疊等。盡管計算生物學領域取得了巨大的進步，但許…… Continue reading →

引言 計算能力的提高與快速算法的發展使得量子化學方法可以應用于生物大分子的計算。與此同時對此類大型系統的大量電子結構信息進行處理也需要新穎的技術…… Continue reading →

先睹為快 作者? ? 中國科學院上海有機化學研究所劉文教授 美國加州大學洛杉磯分校的K. N. Houk教授 研究對象? D-A環加成酶：Pyr…… Continue reading →

先睹為快 作者 日本千葉大學藥學系Hajime Sato教授 日本東京大學藥學系Masanobu Uchiyama教授 研究對象 巴西烷型天然產…… Continue reading →

引言 理解酶催化作用不僅對基礎科學有重要意義，而且對實際應用也很重要。例如酶反應機理在藥物的合理設計中發揮著重要的作用，在藥物的合理設計中，可以…… Continue reading →

分子力學與量子力學 分子力學（MM）是一種傳統的計算方法，在有機合成化學，藥物化學和藥物設計等方面有重要的應用。但是，MM方法對藥物受體微環境中…… Continue reading →